Pengurus BTM diambil dan dipilih dari dan oleh anggota (kententuan UU Koperasi). Salah satu dari pengurus tersebut merupakan exofficio yang adalah wakil dari Pimpinan Cabang atau Pimpinan Daerah atau Pimpinan Wilayah diutamakan ketua Majelis Ekonomi.
Pengawas Baitul Tamwil Muhammadiyah terdiri dari Pengawas manajemen dan Pengawas Syariah.
Pengawas Manajemen dipilih dari dan oleh anggota, tetapi salah satu unsur pengawas tetap berasal dari ex officio perwakilan Pimpinan Muhammadiyah
Pengawas Syariah merupakan perwakilan dari Majelis Tarjih atau Tabligh Muhammadiyah
Baitul Tamwil Muhammadiyah 